مسجد جامع قاین واقع در مرکز شهرستان قاین از آن بناهایی است که عظمت آن هر بیننده ای را مقهور می کند و به فکر وا می دارد. ساختمان مسجد ناخوداگاه تبحر گذشتگان را در معماری به تو یادآوری می کند بطوریکه اگر اولین بار این مسجد را ببینی ناخوداگاه چشم از آن بر نمی داری چون به هر سو بنگری عظمت است و زیبایی و تعجب که نیاز به تفکر دارد.

مسجد در حال حاضر در درون پارکی قرار گرفته است و نمای شرقی و غربی وشمالی آن بسیار زیبا و چشم نواز است.

این مسجد  به صورت دو ایوانی است و تنها اثر تاریخی با قیمانده از شهری است که ناصر خسرو در سال 444 هجری از آن دیدن کرده است و در مورد آن چنین می گوید : « شهری بزرگ و حصین است و گرد شهرستان خندق دارد و مسجد ادینه به شهرستان اندر و آن جا که مشهود است تاقی بزرگ است چنانچه بزرگتر از آن در خراسان ندیدم و آن طاق نه در خورد مسجد است و امارات شهر همه به گنبد است »
علاوه بر ناصر خسرو افراد دیگری نیز چون مارکوپلو سیاح و جهانگرد ونیزی و ابن حوقل و حمد الله مستوفی نیز از این مسجد یاد کرده اند ، شکوه و عظمت ایوان این مسجد آن چنان است که هر بیننده ای را مجذوب خویش می سازد
در مورد تاریخ احداث اولیه مسجد عقاید مختلفی است بطوریکه برخی معتقدند این مسجد بر روی بقایای یک آتشکده ساسانی ساخته شده است و برخی همانند ناصر خسرو زمان احداث آن را اوایل قرن پنجم هجری ذکر کرده اند با توجه به زلزله خیزی قاین احتمالا این مسجد در دوره هایی تخریب و مجددا مورد مرمت و بازسازی قرار گرفته است بر طبق کتیبه های قدیمی که در بخش فوقانی محراب ضلع جنوب غربی قرار گرقته نام جمشید بن قارن بر روی آن نقر شده که به سال 769 هجری مسجد را بازسازی نموده است . این مسجد از دو قبله متفاوت بر خوردار است که یکی به سمت بیت المقدس و دیگری به سمت کعبه ساخته شده است .

مساحت مسجد 1470 متر و زیربنای ان 1050 متر مربع می باشد ایوان اصلی آن که از شاهکارهای معماری اسلامی است دارای 18 متر ارتفاع 11 متر عرض و 22 متر طول میباشد .
این بنا در سال 1316 هجری شمسی به شماره 295 در فهرست اثار ملی کشور به ثبت رسیده و تحت حفاظت و مرمت میراث فرهنگی قرار دارد

بسیاری معتقدند از قلعه کوه تا دژ مرکزی شهر ومسجد جامع یک تونل زیر زمینی وجود داشته و مورد استفاده بوده. احتمال دارد این معبر با مسیر کاریز جعفر آباد یکی باشد که در نزدیکی قلعه کوه معبرش مجزا می گردد.اگر کاوشهای باستان شناسی انجام شود شاید بتوان بسیاری از شگفتی ها را شناسایی و معرفی نمود.

مسجد جامع دارای دومحراب است گرچه این مسجد جزو قدیم ترین مساجد ایرانی می باشد ولی محرابهای آن ربطی به تغییر قبله ازمسجد الاقصی به مکه ندارد احتمالا یا ناشی از اختلاف اهل سنت و تشیع در محاسبات قبله یابی بوده یا محراب انتهایی ایوان یک نیایشگاه باشد.